Лакунарный череп возникает в результате повышения внутричерепного давления или глубоких расстройств костеобразования во внутриутробный период. После рождения процесс не прогрессирует.
Лакунарный череп следует отличать от лакунарного остеопороза. Последний встречается у здоровых новорожденных и в клинике известен как «мягкий череп». Кости свода черепа при пальпации податливы, голова не увеличена в размерах. На краниограммах выражены ячеистые просветления на фоне нормальной картины свода черепа, рисунок костных перегородок между лакунами отсутствует. В возрасте 2-3 мес очаги лакунарного остеопороза исчезают.