Получение изображений с высоким качеством может гарантироваться только в том случае, если Вы будете оставаться в неподвижном состоянии и выполнять инструкции по задерживанию дыхания (это нужно только при МРТ брюшной полости и некоторых других исследованиях). Если вы плохо себя чувствуете, у Вас тремор или сильная боль, Вам будет трудно лежать неподвижно на протяжении всего исследования, в результате чего оно может не получиться.
Человек с очень большими размерами и массой тела может не поместиться в некоторые МРТ-аппараты. Стандартный диаметр тоннеля томографа с магнитной индукцией 1,5Тл составляет 60см, реже 70см. Допустимая максимальная масса пациента также ограничена и обычно составляет от 120 до 200кг.
Присутствие имплантата или другого металлического предмета иногда затрудняет получение качественных изображений из-за возникновения артефактов. Движение пациента также будет приводит к артефактам.
Нерегулярное сердцебиение (аритмия, тахикардия) может влиять на качество изображений, полученных с использованием данных ЭКГ для синхронизации с МРТ. Такие исследования проводятся редко. При большинстве МРТ-исследовании сердечный ритм не влияет на качество изображений.
МРТ обычно не рекомендуется проводить пациентам с тяжелыми ранениями, однако иногда клиническая ситуация может этого требовать. Проблемы могут быть связаны с тем, что различное оборудование для жизнеобеспечения может влиять на качество МР-изображений, в связи с чем оно должно быть удалено от области визуализации. Кроме того, МРТ-исследование занимает больше времени, чем другие методы визуализации (рентген и КТ), а его результаты доступны не сразу.
Несмотря на отсутствие данных о том, что магнитно-резонансная томография может нанести вред плоду, беременным женщинам обычно рекомендуется не проводить МРТ-исследования в течение первого триместра беременности.
МРТ не всегда может различить ткань опухоли и тканевую жидкость (отек).
Стоимость МРТ обычно превышает другие методы визуализации и требует больше времени для выполнения процедуры.